دانشکده الهیات و معارف اسلامی در سال 1313 ش در محل مدرسه عالی سپهسالار (شهید مطهری ) با نام دانشکده علوم معقول و منقول با سه رشته ادبیات عرب ، علوم معقول و منقول افتتاح شد. این دوره پنج سال به درازا کشید و در سال 1318 دانشکده تعطیل شد. بار دیگر فعالیت دوباره دانشکده در سال 1321 در محل فرهنگستان با دو رشته علوم معقول و منقول از سر گرفته شدو بتدریج توسعه یافت ، چنانکه دو رشته دیگر به نام های زبان و ادبیات عرب و فرهنگ اسلامی بر آن افزوده شد. همچنین در دو رشته معقول و منقول نیز دوره دکتری دایر گردید. در سال 1344 دانشکده علوم معقول و منقول به دانشکده الهیات و معارف اسلامی تغییر نام داد.

دانشکده الهیات و معارف اسلامی هم اکنون دارای شش گروه آموزشی است . این گروه ها عبارتنداز: علوم قرآن و حدیث، فقه و مبانی حقوق اسلامی ، فلسفه و کلام اسلامی ، ادیان و عرفان تطبیقی ، تاریخ فرهنگ و تمدن اسلامی و فقه شافعی . این گروه ها همگی در سه مقطع کارشناسی ، کارشناسی ارشد و دکتری دانشجو می پذیرند.

هم اکنون این دانشکده با 55 عضو هیات علمی به ریاست دکتر سید محمد رضا امام اداره می شود. دانشجویان این دانشکده برای شناسایی و احیای بخش عظیم دانش های بشری که در حوزه علوم و معارف اسلامی است ، آموزش می بینند تا امکان شناخت و شناساندن این علوم و معارف را بیابند. تربیت کارشناسان مجرب در حوزه علوم اسلامی به منظور انجام خدمات علمی در نهادهای آموزشی چون آموزش و پرورش ، دایره المعارف ها و مراکز فرهنگی ، از جمله اهداف این دانشکده به شمار می آید.

بزرگانی چون مرحومان بدیع الزمان فروزانفر، دکتر محمد محمدی ، سید محمدکاظم عصار، دکتر سیدجلال الدین مجتبوی و نیز آقایان دکتر ابوالقاسم گرجی و دکتر علیرضا فیض در این دانشکده به تعلیم علوم اسلامی همت گماشته اند. این دانشکده همچنین مهد پرورش متفکران وصاحب نظرانی است که برخی از آنان به درجه رفیع شهادت نائل آمده اند، که دکتر سید محمدحسین بهشتی ، استاد مرتضی مطهری ، دکتر مفتح ، دکتر محمد جواد باهنر از جمله این افرادند.